Giovanni Caroto, dessen ungefähres Geburtsjahr sich aus seinem Testament ergibt, in dem er sich im Jahr 1562 als 74jährig bezeichnet, war der jüngere Bruder des bedeutenderen Malers Giovanni Francesco (1478/82–1555). Die beiden Brüder wurden in der Forschung immer wieder verwechselt.

Über die künstlerische Ausbildung von Giovanni ist nichts bekannt. Sein malerisches Werk ist schmal. Eines seiner frühesten Werke, die Verkündigung in der Capella Maggiore von S. Giorgio in Braida, soll aus dem Jahr 1508 stammen. 1614 schuf Caroto eine thronende Madonna mit den Heiligen Martin und Stefan für S. Giovanni in Fonte, die sich heute im Dom von Verona befindet. Gemeinsam mit der 1615 datierten Madonna mit den Heiligen Petrus und Paulus in S. Paolo in Campomarzo ist sie das einzige datierte und signierte Werk des Malers und damit der Ausgangspunkt für weitere Zuschreibungen. 1538 war Caroto in Rom, wo er gemeinsam mit Vasari nach antiken Gebäuden zeichnete. Berühmt wurde er vor allem durch seine Illustrationen für das 1540 erschienene Traktat „De origine et amplitudine civitatis Veronae“ von Torello Saraina sowie durch seine eigene Publikation „Le antichità di Verona“ von 1560.